Como se não bastasse toda a beleza dos rios, ainda existem as cavernas. Estas foram formadas há milhões de anos na rocha calcária. Algumas são inundadas, total ou parcialmente, acrescentando ainda mais beleza aos interiores ricamente decorados. Formações de espeleotemas como estalactites, cortinas, estalagmites e muitas outras, conferem a estes lugares o aspecto de verdadeiros santuários, são como catedrais góticas, que parecem ter servido de inspiração ao mais famoso arquiteto espanhol, Antonio Gaudí. As características geológicas e climáticas da região são sem dúvida o fator contribuinte mais importante para a manutenção deste cenário. A rocha calcária, da qual é formada quase toda a Serra da Bodoquena, permeia por seu interior num complexo sistema hídrico, toda a água captada das chuvas, o que faz dissolver muito deste mineral nestes rios subterrâneos. Este excelente “sistema de tratamento” natural é o que mantêm os rios sempre transparentes.
O núcleo habitacional que se transformaria na sede do Município de Bonito, iniciou-se em terras da Fazenda Rincão Bonito, que possuia uma área de 10 léguas e meia e foi adquirida do Sr. Euzébio pelo Capitão Luiz da Costa Leite Falcão, que aí se aportara em 1869, e é considerado o desbravador de Bonito, tendo sido também seu primeiro escrivão e tabelião. A Lei Estadual nº 693, de 11 de junho de 1915, cria inicialmente o Distrito de Paz de Bonito, com área desmembrada do Município de Miranda e a este subordinado administrativamente. Com a criação do território Federal de Ponta Porã, pelo Decreto-Lei nº 5.839, de 21 de setembro de 1943, é lhe anexado como Distrito de Paz de Miranda. Por força do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias da Constituição Federal, é reintegrado ao Estado de Mato Grosso, na mesma situação de Distrito pertencente ao Município de Miranda. Finalmente a Lei Estadual nº 145, de 02 de outubro de 1948, eleva-o a categoria de Município, tendo por sede a cidade de Bonito, constituindo termo judiciário da Comarca de Aquidauana, com um único Distrito, o da sede municipal, situação mantida pelo Decreto nº 1.738, de 30 de dezembro de 1953, que fixou o quadro territorial administrativo-judiciário do Estado, para vigorar no quinquênio 1954-1958.
* Data da emancipação: 02 de Outubro de 1948
* Área: 4.934 km²
* Altitude: 315 m
* População: 15.253 (censo de 1996)
* Coordenadas do aeroporto: Sul: 21.06.57 Oeste: 56.31.08 330 m altitude
* Distância da Capital: 330 km
* Clima: Tropical
* Temperatura: 22° (média)
* Vegetação: Cerrado
* Atividades econômicas: Pecuária, Turismo, Agricultura e Mineração
* Bacia Hidrográfica: do Rio Paraguai
* Sub-Bacias: do Rio Miranda e Rio Aquidauana
* Rios: Rio do Peixe, Formoso, Formosinho, Perdido, Sucuri
* Ocorrências Minerais: Areia, calcário, urânio, cobre, chumbo e dolomito