Muitas controvérsias marcam o descobrimento de Fernando de Noronha. O mapa de cantino, enviado em novembro de 1502 a Ercole d’Este, Duque de Ferrara, já indica o arquipélago como Ilha da Quaresma. Isto faz supor que o conhecimento da existência da ilha só poderia advir de expedições que por ela passaram em 1500, 1501 ou 1502, no tempo da quaresma. O Visconde de Santarém atribuiu a descoberta a Gaspar de Lemos, o comandante da nau de provisões da armada de Cabral, enviada de volta a Portugal em 1500 com a notícia de que fora achada a terra de Santa Cruz. A nau certamente não cruzou a região no período da quaresma, mas, depois de bordejar a costa brasileira cortando pau-brasil, poderia ter avistado o arquipélago a 24 de junho, justamente no dia de São João, cujo nome teria dado a ilha.
Além do interesse histórico mencionado anteriormente, o arquipélago foi alvo de atenção de vários cientistas que se dedicaram a estudar sua fauna, flora, geologia, geomorfologia, entre outros.Um dos primeiros trabalhos foi publicado há mais de 100 anos, por Pocock (1890). Posteriormente, Bjornberg (1954); Lopes e Alvarenga (1955); Almeida ( 1958); Paiva (1967) entre vários outros.
Em dezembro de 1995, foi promulgada a lei orgânica do arquipélago, sua constituição, ocorrendo em março de 1996 a primeira eleição para o Conselho Distrital, o fórum de representatividade da comunidade local junto ao poder público.